Reforma territoriale solli një problematikë të re për bashkinë Shkodër sa i përket menaxhimit të mbetjeve.
Nënkryetari i bashkisë Arben Gjuraj pranon situatën jo shumë të mirë në disa ish-komuna por kjo vetëm nga mungesa e planeve si ai i bashkisë Shkodër tek këto njësi si dhe nga dështimi i procesit të riciklimit që të mbetjeve. Gjithsesi 75% e mbetjeve menaxhohen në gjithë territorin e ri të bashkisë Shkodër. Një zgjidhje mbetet riciklimi tregon nënkryetari Gjuraj dhe se drejt asaj rruge synohet të shkohet. Njësitë administrative, më par ëish-komuna që menaxhohen nga bashkia Shkodër shpesh herë gjenden të ndotura në pjesë të ndryshme të territorit, kjo jo vetëm nga mospastrimi por edhe papërgjegjshmëria e qytetarëve.
