WhatsApp konsiderohet si një prej shërbimeve më të sigurta të mesazheve që prej kohës kur këto të fundit u koduan totalisht.
Kjo do të thotë se nuk ekziston asnjë mënyrë për të lexuar mesazhet që mund të kapen nga palë të treta. Por së fundmi është zbuluar një problem me sigurinë, që lejon Facebook dhe të tjerë që të kapur dhe lexuar mesazhet e koduara të WhatsApp. Kjo dobësi në sistemin e sigurisë u gjet nga ekspertë të Universitetit e Kalifornisë. Facebook, kompania që bleu WhatsApp dy vite më parë, pretendon se askush nuk të kapë mesazhet e këtij aplikacioni, as vetë kompania apo stafi i saj. Megjithatë raportime të ndryshme thonë se mënyra sesi është implementuar vetë enkriptimi, do të thotë se kompania në fakt mund t’i lexojë mesazhet. Tobias Boelter, eksperti mbi sigurinë i cili zbuloi këtë problem, shprehet se kjo do të thotë se, nëse WhatsApp i kërkohet nga agjencitë qeveritare që të japin informacione mbi përdoruesit e tyre, ai mund ta bëjë një gjë të tillë. Me kodimin e përdorur nga WhatsApp, mesazhet mund të shihen vetëm nga marrësi dhe dërguesi. Sistemi funksionon në mënyrë të tillë që përdoret një “kyç” për të siguruar mesazhet mes individëve. Kjo është dizenjuar në mënyrë të tillë për të mbajtur jashtë kriminelët e sulmeve kibernetike, regjimet shtypëse e hakerat, madje edhe vetë zyrtarët e WhatsApp, në mënyrë që të dhënat e përdoruesëve të qëndrojnë private.
